Auf der Basis des Grundgesetzes (Art. 7,4), § 56 der Hessischen Landesverfassung und des Hessischen Schulgesetzes (§ 166-176) ist die Marienschule ein staatlich anerkanntes Gymnasium und eine staatlich anerkannte Fachschule für Sozialpädagogik in freier Trägerschaft. Dort ist geregelt, dass Schulen in freier Trägerschaft in besonderer Weise religiös, pädagogisch oder weltanschaulich geprägt sein können und dass sie abweichend von den Vorschriften für öffentliche Schulen ihre Lehr- und Unterrichtsmethoden, die Lehrinhalte und die Organisation des Unterrichts festlegen können.

Seit 1.1.1997 ist die Trägerschaft der Marienschule Fulda vom Institutum Beatae Mariae Virginis (IBMV) auf die neugegründete Stiftung "Marienschule Fulda", eine Stiftung privaten und kirchlichen Rechts, übergegangen. Das Kuratorium der Stiftung setzt sich zusammen aus drei Vertretern des Bistums Fulda, je einem Vertreter der Stadt und des Landkreises Fulda, einem Vertreter der Elternschaft sowie der Provinzialoberin der Rheinischen Provinz der Maria Ward-Schwestern als Vorsitzender des Kuratoriums. Ziele, Aufgaben und Verwaltungsstrukturen sind in der Stiftungsurkunde und in der Satzung der Stiftung geregelt.